真菌性龟头炎疾病是能够根治，应当提取龟头表面的分泌物，进行真菌培养检查，确诊后可使用抗真菌药物治疗。

可使用碳酸氢钠溶液清洗龟头部位，清洗的范围要包括包皮内部以及龟头、冠状沟部位。在清洗后可涂抹抗真菌的软膏，比如克霉唑软膏。一般在治疗3~5天后，症状会逐渐的缓解甚至消失。如果症状持续加重，需要改变治疗方案。

如果是已婚的夫妻，夫妻双方需要同时进行治疗，才能够防止真菌性龟头炎的反复发作。在治疗期间，应当禁止性生活，注意生理卫生。