假膜性肠炎应该做的检查有血常规、腹部X线平片或者是X线钡餐造影。也可能需要做腹部的CT检查，同时也需要做大便检查以及内镜检查，部分患者还可能需要做组织活检。每个患者的疾病临床表现不同，可能需要做的辅助检查也会有所不同。

通过血常规检查可能会出现白细胞数目增高。腹部X线平片检查可能会出现肠积气。通过肠道CT检查，会出现肠壁增厚、皱壁增粗。如果通过大便检查发现有大量的真菌或者难辨梭状芽孢杆菌感染时，该疾病的诊断更为明确。