怀孕同房不会导致胚胎畸形。

一般胚胎畸形可能是由于辐射、药物、病毒等导致的，与同房没有关系。平时孕妇要远离辐射，出现身体不适要及时就诊，不能擅自用药。

但如果怀孕前3个月同房，孕妇可能会发生宫腔感染或流产。怀孕后3个月同房，可能会发生早产或胎膜早破。

是否发生畸形，通过相关检查才能知道。所以在孕期要定期产检，避免错过有针对性检查，以便及时得到处理。