肝门胆管癌早期可以手术切除，晚期可行姑息性手术，完整的手术切除，是唯一有机会治愈胆管癌的治疗方法。

肝门部胆管癌的手术包括癌症、周围胆管、肝脏的一部分、附近的淋巴结，然后将剩余的胆管连接到小肠，这样胆汁仍然可以到达消化道，帮助消化食物。不幸的是，许多病人在确诊时已经是晚期肿瘤，或出现不可切除的疾病。

胆管癌的其他治疗措施，可能包括以下：放置支架、光动力疗法(PDT)、放射治疗、化疗。在姑息性治疗中，腹腔丛阻滞，可以通过局部注射酒精或其他硬化剂，减轻腹膜后肿瘤生长引起的腰痛。

此外，其他的内镜姑息疗法，如近距离放射治疗和射频消融术也被使用。