腘窝囊肿和腱鞘囊肿的区别主要是发生的部位不一样。腱鞘囊肿主要发生于手腕、手指和足背，发生于关节囊附近或者腱鞘附近的一种内含胶冻状黏液的良性肿块。腘窝囊肿主要是发生在膝关节后方，是腓肠肌内侧头的滑膜囊肿，会导致膝关节无力、软弱，关节后部疼痛。囊肿比较大，有可能会导致膝关节的伸屈活动障碍。

但是两者的发病因素有一定的共同点。比如关节部位长期重复某个动作、慢性劳损，导致关节的退行性病变、组织退变，破裂形成囊肿，并逐渐增大。

囊肿小者可以选择保守治疗，比如每天可以适当地按摩，注射器穿刺抽吸，影响局部功能可以手术切除。