孕酮低是不会造成胎儿畸形的。但是孕酮低的会容易出现，先兆流产或者是流产等问题。尤其是在怀孕早期的时候，如果胚胎的质量正常，进行适当的保胎治疗，主要是给予补充孕激素的治疗，胎儿就可以很好的发育。

而引起胎儿畸形的问题是多方面的。有可能是胎儿本身染色体就有问题，或者是孕妇患有一些全身性的疾病。比如严重的贫血、心脏病、甲状腺功能亢进、免疫系统的疾病等。

在怀孕期间接触到了一些有毒有害的物质，有吸烟、酗酒、吸毒的习惯等。这些原因都有可能导致胎儿畸形的。