肢端肥大症后期是会引起头痛并加重头痛的。

由于肢端肥大症与人体生长激素的长期分泌过量是直接相关的，过量的生长激素不仅仅会通过逐渐影响人体的正常发育，造成肢体末端的局部发生异常改变，从而出现肥大的情况，也会对人体的骨骼发育及心血管系统等造成一定的影响。当肢端肥大症发展到一定程度之后，会影响到人体的神经系统，从而造成头痛。

而且出现肢端肥大症之后会影响人体的内分泌情况，出现内分泌紊乱的情况，也会使头痛的症状加重。