肛管损伤轻微的一般不会造成什么后遗症。严重的肛管损伤有可能会造成肛门直肠周围瘘、肛门狭窄、肛门失禁、肛周脓肿等等，大多需要再次手术，才能解决根本性的问题。

损伤早期正确的处理，能大大的减少这些后遗症产生，浅小的外伤只需要单纯清创缝合；如果肛管损伤大而深，累及括约肌或者直肠的，应行乙状结肠造口，仔细清创，注意要保留尚未累及的括约肌，并修复已经损伤的直肠和括约肌，以尽量保存肛管的功能。