长肛乳头瘤的主要原因，是肛管直肠位置有慢性炎症的存在，或者是肛窦有发炎的情况。在干硬粪便的刺激下，或者是稀质大便的刺激下，产生慢性的炎症反应，肛乳头反复地受到炎症的刺激，可以进一步增生，并且出现发炎、肥厚的情况，有进一步的变大和变硬，最后形成瘤样的结构。

另外，长肛乳头的原因，也不排除是肛裂等因素的影响。如果有肛裂的存在，可能会使肛门局部的血液循环变差。另外，会使淋巴的循环不通畅，也会诱发肛乳头的肥大，进一步的增生就会形成肛乳头瘤的情况。

肛乳头瘤主要的治疗方法，还是需要通过切除的方法进行治疗，一般经肛就可以做切除治疗。