临床上，当癌症患者出现应用靶向药物耐药的情况后，可以通过以下的一些方法进行处理：

首先，对于患者进行重新的基因检测，一方面可以明确靶向药物耐药的原因，另一方面可以根据基因检测的结果来选择合适的靶向药物进行癌症的控制。

对于没有合适靶向药物应用的患者，可以考虑采取化疗与放疗联合的方法，化疗与免疫治疗结合的治疗策略，进行癌症的控制。对于靶向药耐药后，又不能耐受放、化疗等抗癌治疗措施的患者，可以给予营养支持、对症缓解症状的治疗措施。