黄芩具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎的功效。临床上多用于治疗湿温病、湿热痞满、泻痢、黄疸、肺热咳嗽、高热烦渴、血热吐血、痈肿疮毒、胎动不安等疾病。

现代药理学研究表明黄芩具有较广的抗菌谱，对杆菌、球菌有明显的抑制作用；对流感病毒、皮肤真菌亦有较强的抑制作用。临床上多用于治疗上呼吸道感染、病毒性眼病等疾病。

黄芩具有抗微生物、抗变态反应、降血压、利尿、降血脂、抗血小板凝集、抗凝、保肝、护肾的作用。

黄芩性凉、伤脾胃，久食可以引起腹泻、便溏。素体脾胃虚弱者禁用。