包皮龟头炎通常使用口服药物与外敷药膏进行治疗，不同类型的包皮龟头炎，所使用的药物也不同。细菌所感染所引起包皮龟头炎，如果不太严重，清洗龟头后，外涂红霉素软膏，连续治疗三天即可痊愈。

滴虫性龟头炎可选用甲硝唑、曲古霉素治疗。念珠菌龟头炎可患者可选用口服药物，比如氟康唑、酮康唑，也可使用外用药物，比如霉素菌霜。如果妻子患有念珠菌或滴虫性的阴道炎，夫妻双方应同时进行治疗。

在治疗期间应当禁止性生活，合理用药，注意生理卫生。