肛门囊肿的手术方式分为两种，一是囊肿切开引流，二是囊肿切除术。囊肿切开引流适用于囊肿因感染重，在局部形成了脓肿，导致出现红肿热痛的症状。可在局麻下进行，将囊肿的表面皮肤切开，将脓液放出，尽可能的清除掉囊肿的白色包膜，做到充分引流。术后每日换药，大约需要1~2周可愈合。

囊肿切开引流术只能减轻症状，未将囊肿完全切除，术后仍有复发的可能。所以在脓腔完全愈合后，可行囊肿切除术，需要注意的是行囊肿切除术过程中，应扩大切除囊肿周围的组织，以防遗留囊肿包膜，术后复发。因囊肿切除术，是需要进行缝合的，术后大约需要一周才能拆线。