隐匿性阴茎的危害很多，比如会引起阴茎发育不良，导致阴茎短小，还会引起包皮过长或者包茎。隐匿性阴茎严重时还会引起输精管、输尿管狭窄，导致人排精、排尿困难，使人出现明显射精疼痛、排尿疼痛症状。

另外，隐匿性阴茎由于阴茎藏在腹部体内，会压迫前列腺，导致人小腹疼痛、肿胀。压迫到精索时还会引起腹股沟胀痛，严重时引起腹股沟疝气。

隐匿性阴茎是常见疾病，多半和阴茎肉膜发育不良有关，需要手术治疗才可以治愈。