核酸检测肛拭子不会疼。肛拭子检查主要是用棉签轻轻地擦拭肛门内侧的黏膜，会有轻微的不适感，但不会疼。

在进行新型冠状病毒的核酸检测当中，取得标本主要有咽拭子，包括鼻咽拭子和口咽拭子，还有痰液、尿液、大便或者肛拭子。只要其中的一项核酸检测是阳性，就证明有新型冠状病毒感染。

之所以进行肛拭子核酸的检测，是防止密切接触者发生漏诊。但是肛拭子检查会给一部分的检测者造成心理上的不适感，操作时需要比较私密的空间，所以并不适用于比较大范围的人群的筛查。