脑型疟疾比较严重，属于一种中枢神经系统感染性疾病，需要与之鉴别的疾病主要有中暑、中毒性痢疾、流行性乙型脑炎、以及败血症。

其中在与败血症进行鉴别的时候应该注意，败血症相对脑型疟疾，全身各系统的中毒症状要更严重。患者往往有转移性的化脓病灶出现，血中可见中性粒细胞和白细胞升高，血培养结果可见病原菌。在和中暑、中毒性痢疾、流行性乙型脑炎进行鉴别的时候，通过反复查找疟原虫，结合化验结果即可确诊。

如果一时无法区分可先采取抗疟疾药物进行治疗，根据检查结果调整治疗方案。