肚子咕噜噜有水声，可能是肠道菌群紊乱、消化不良、急性肠炎等原因引起。肠道内的腐败菌繁殖过多，抑制了有益菌的繁殖，造成肠道菌群发生紊乱，会造成肠道蠕动亢进，导致肚子有咕噜噜的水声，伴有排便次数增多、肠道胀气等表现。

消化不良的患者由于没有消化的食物直接排入肠道，刺激肠道引起蠕动亢进，也会使肠道出现咕噜噜有水声、排便次数增多。

进食过多辛辣刺激的食物，或者受到霉变的食物造成急性肠炎，也会导致排水样便、肚子咕噜噜有水声。除此之外，如果腹部受了寒凉，也会造成肠道蠕动亢进、排水样大便，引起肚子咕噜咕噜响。