肛周脓肿是受到细菌感染导致的。本病属于肛门直肠周围组织间隙的急慢性感染，大多见于肛隐窝的感染，因其生理解剖特点决定，易于兜聚粪便、刺激肛窦感染，感染途径可以通过肌间隙、淋巴管等蔓延至肛周组织间隙，形成肛管直肠周围脓肿。

肛周脓肿也可以于糖尿病、体弱多病的人群，也可见于艾滋病免疫缺陷疾病和结核病等。

临床上也有食物内的异物、鸡骨、鱼骨等质硬异物，多见于吞咽快速，或者精神异常的患者。鸡骨或者鱼骨随着粪便移动到直肠，嵌插于直肠粘膜内，引起细菌感染，亦可见手术创伤引起肛周脓肿。