患者发生膀胱萎缩时的治疗需要从以下几方面进行：

首先，针对导致膀胱萎缩的原发疾病的治疗。如果膀胱萎缩是由膀胱结核所引起，则应口服利福平、异烟肼、乙胺丁醇、吡嗪酰胺等药物进行规范、足疗程的联合抗结核治疗。膀胱结核的患者一旦发生膀胱萎缩，通常无特殊治疗方法，病情过于严重者可行手术治疗，但疗效因人而异。

如果是膀胱大面积溃疡导致黏膜受损面积过大所引起，则需要积极抗炎治疗。

如果是膀胱恶性肿瘤所引起，则需要行肿瘤根治手术治疗。

无论哪种病因引起的膀胱萎缩，严重者都需要行手术治疗。但是术后患者生活质量都会明显降低。