药物治疗阴道炎会有一定副作用。

阴道炎如果长时间用药，可能会对药物产生耐药性，而且容易影响阴道的正常菌群，如果是口服药物治疗阴道炎容易刺激引起肠胃不适，或是引起皮肤瘙痒不适等副作用。

所以阴道炎治疗时一定要遵医嘱用药，需要按疗程使用药物。一般建议用药一周左右是一个疗程，停药后可以复查白带常规，如炎症治愈后就要停止用药，避免长期用药出现副作用。或是建议尽量选择阴道局部上药，副作用相对比较小，但也不宜长期用药。