复杂性肛瘘也需要行手术治疗才能完全治愈。复杂性肛瘘是指患者肛瘘外口有多个，或者瘘管有多根以上，或者有些瘘管虽然单根，但是走形非常复杂，都称为复杂性的肛瘘。

复杂性肛瘘目前在临床上治疗还是一个难题，由于在手术时，有可能会遗漏内口或者瘘管的处理，而导致术后复发，平均的术后复发率大约在20%左右。所以患者在复杂性肛瘘手术前，应该做一些相关的检查，最好能够在术前大致明确瘘管的数量、位置，以及内口的数量、位置。