肠系膜上静脉血栓诱发原因大体可分为两种，即原发性和继发性两种，但是临床上以继发性为最多见。原发主要是血液常伴有高凝状态，例如真性红细胞增多症和癌症。

继发可见于肠系膜上静脉损伤，如外伤、手术、放疗、门腔静脉分流术后的患者，腹腔感染的患者，既往腹部手术史、吸烟、酗酒、肝硬化或长期服用避孕药等情况的患者。近半数患者有周围静脉血栓性炎症病史，故可能是血栓性静脉炎的一种特殊类型。