持续性输卵管妊娠的治疗可行手术、药物和期待治疗。约为50%以上需要再次手术。根据病情及对生育能力的要求不同采取输卵管、切除术或者保守性手术。并且稳定无明显内出血情况的患者药物治疗更为合适。药物治疗方法与输卵管妊娠治疗相同。

无症状血HCG水平不高且缓慢下降，可采用期待疗法。对于无症状或者症状显著者则用药物处理，如用小剂量甲氨蝶呤，可能存在轻微副作用，但患者多能忍受无需再使用亚叶酸钙，可避免第二次手术。少数患者可以经期待疗法自愈。持续性输卵管、妊娠可能会影响日后受孕会增加再次异位妊娠的机会。