甲巯咪唑是临床上比较常用的抗甲亢药物，但它仍然会有一些副作用，在临床使用时一定要注意。

包括对血常规和肝功能的影响，可能会造成严重的粒细胞缺乏和白细胞减少。所以在应用甲巯咪唑的患者一定要定期复查血常规及肝功，可能会造成肝酶的损伤。

除此之外，甲巯咪唑还可能出现皮疹、皮肤瘙痒等其它的副作用，过敏、再生障碍性贫血、胃肠道反应，如恶心、呕吐、上腹部不适、关节痛、头晕、头痛，罕见还会导致肝炎、间质性肺炎、肾炎等。