慢性骨髓炎的致病菌常为多种细菌的混合感染，但金黄色葡萄球菌仍是主要的病原体。此外，革兰氏阴性杆菌也占很大比例，大多数慢性骨髓炎是因急性骨髓炎治疗不当或不及时，病情发展的结果。

如果急性骨髓炎的致病菌毒力较低，或病人抵抗力较强，也可能起病时即为亚急性或慢性，并无明显急性期症状。

骨的贯通性火器伤和开放性骨折后发生的骨髓炎，金属物植入骨内如人工关节置换术等引起的骨内感染，则较多见。其他诱因有糖尿病、服用激素、免疫缺陷及营养不良等。