卵巢囊肿患病的主要原因与个人的体质有关系，也与生活习惯也有关系。

卵巢囊肿的类型是决定卵巢囊肿病因一个最重要的因素，卵巢囊肿多发于生育年龄女性，考虑与女性激素分泌有关系。此外卵巢囊肿也与生活习惯有关系，比如熬夜、少动、多坐，都易造成卵巢不排卵。

卵巢囊肿还和遗传有关系，目前卵巢癌相关的基因筛查在医院或是相关医疗机构都可以进行。如果家族中有卵巢癌或者是乳腺癌病史的女性可以进行筛查，如筛查是阳性，可以做一些预防性的切除手术。