亲子鉴定孕期最好不要做。

因为在孕期做亲子鉴定，一般是在早孕期的时候，可以通过抽取部分的绒毛检测，或者是在妊娠中期抽取羊水进行鉴定胎儿的DNA，就可以判断与父亲的血缘关系。但是，这些操作是有创的检查，可能会导致宫腔感染，引起先兆流产等情况发生，不利于怀孕后胎儿的正常发育。

因此，如果是女性做亲子鉴定，最好是在分娩后，可以通过抽取婴儿的血或者是做头发、指甲等方面的亲子鉴定，就是无创的检查。