肾性脑病的病因有多种，主要有尿毒症毒素，如小分子的尿素、中分子的物质以及大分子的甲状旁腺激素在脑中蓄积抑制了参与脑细胞正常代谢活动的酶系统，使其反应速度减慢，脑细胞的正常代谢功能失调，从而引起患者脑电图、肌电图以及脑诱发电位的异常从而出现了一系列的神经精神症状，与肾功能受损程度密切相关。肾性脑病与水、电解质、酸碱平衡失调，失水、水潴留、脑水肿等有关。与脑代谢障碍有关，慢性肾衰竭时氧和葡萄糖的利用均下降，导致多种酶的功能障碍。最后，肾性脑病的病因还与神经细胞和胶质细胞的跨膜离子交换异常有关系。