5岁孩子半夜肚子疼，可能是消化不良引起，比如睡觉前吃了过多的食物，或者吃多了不容易消化的食物引起，一般可以使用健胃消食类药物治疗。

可能是消化性溃疡引起，特别是十二指肠球部溃疡，容易发生在空腹的时候肚子痛。可能是由于空腹时，胃酸刺激十二指肠黏膜引起。

也可能是患有急性肠胃炎，比如孩子进食了不干净或者变质的食物引起，有时会伴有呕吐、拉肚子等。情况严重的，建议明确病因后再积极治疗。