治疗新生儿呼吸暂停的原则是首先寻找疾病的病因，针对病因来进行治疗，然后给予相应的药物治疗以及机械通气治疗，再采取一定的对症处理措施。比较常用的药物是茶碱或者是氨茶碱，可以直接刺激到呼吸中枢，可以使新生儿的呼吸频率增加，从而减少呼吸暂停的发作次数。还可以采用呼吸中枢的兴奋药，比如多沙普伦等。

对于一般的氧气不能缓解的、比较严重的呼吸暂停的新生儿，可以给予持续气道正压来帮助通气。

如果运用以上的办法治疗效果仍然不明显，患儿出现有低氧血症或有明显的心动过缓的情况时，可以直接采用机械通气。