宝宝扁桃体化脓不会自愈。

扁桃体化脓，多半是由于受到细菌或者病毒感染引发。既然已经形成了化脓，说明病情比较严重。需要给予药物干预治疗，才可以治愈。抽血化验血常规，如果白细胞增高，细菌感染引发的，需要给予抗生素抗炎治疗。必要时，给予雾化吸入治疗。结合口服清热解毒的中药，利用双黄连口服液综合治疗。才能促进扁桃体局部的炎症吸收，改善扁桃体发炎、疼痛、化脓。

总而言之，扁桃体化脓，是不可以自愈的。要及时给予干预治疗，否则会造成病情越来越严重。