精囊囊肿需与精囊癌相鉴别，精囊癌极少见，大多数继发于前列腺膀胱直肠或附近的组织。加藤哲郎等认为囊肿可能合并恶性肿瘤，应加以仔细鉴别。直肠指诊时可扪及坚硬结节不规则的梭形包块，膀胱镜检查可见整个膀胱底部及三角区抬高，而致膀胱颈梗阻，并有原发病症状。精囊造影可明确肿瘤与精囊的关系。

本病还需与前列腺囊肿、包虫性囊肿、膀胱憩室和精囊炎相鉴别，后者经直肠指诊、精囊造影和膀胱镜检可资鉴别。