胃隔膜是一种非常少见的消化道畸形。

以前大家认为胃隔膜的发生是因为在胚胎的6周以后，消化道的上皮发生了增殖，从而导致管腔的闭塞，形成实性的索状体。正常的发育情况是这个索状体内出现空泡化，融合之后管腔就可以再通了。但是如果发育过程中出现异常，幽门部的发育停止在实性索状体或者它的空泡化不完全，就会形成胃隔膜。

但现在也有人认为根本不存在这个增殖阶段，认为胃幽门隔膜的形成是局部的内胚层组织过度增生所导致的。