胃肠道间质瘤有良性的，大部分胃肠道间质瘤最开始都是良性。如果没有系统治疗，随着间质瘤的生长可能会发生恶变，演变成恶性胃肠道间质瘤。

需要通过生长部位、肿瘤大小以及病理核分裂象等进行区分，针对不同情况将胃肠道间质瘤分为低度恶性、中度恶性、高度恶性和极高度恶性四种。

不管是良性还是恶性的胃肠道间质瘤，手术治疗都是当前唯一能够治愈的方式，只是良性肿瘤切除之后不会出现复发转移。而恶性胃肠道间质瘤手术切除之后，还可能出现转移和复发，造成生命危险。