宝宝醒来哭闹，通常是因为宝宝还小，中枢神经系统不成熟，对外界因素比较敏感，容易产生不安全感。如果睡觉过程中出现强烈的声音刺激和过度的光刺激，就可能会醒来并哭泣。

也可能由肠绞痛引起。尤其是刚出生不久的小婴儿，肠道功能发育尚不成熟，易受某些不良因素影响诱发肠绞痛。尤其是夜间，表现为睡眠时突然惊醒和过度哭闹。

此外，小儿睡觉醒来哭闹还可能由佝偻病引起，通常是由于缺乏维生素D和钙诱发。该病可使儿童睡不安稳，睡时易醒、大哭。