口腔颌面部皮样、表皮样囊肿在胚胎时期即可出现，大多数都是因为残留在组织当中的上皮细胞不断生长分裂所导致的。

在口腔底部的皮样或者表皮样囊肿，都是因为第一腮弓、第二腮弓在口腔中线的位置上面融合，从而被埋入到上皮组织当中不断的发展所造成的。

另外，也可能是获得性植入囊肿，这种情况就是因为创伤性的原因，使一些上皮植入组织所导致的。口腔颌面部皮样、表皮样囊肿经常发生在口底、颌下区等部位，尤其是儿童、青少年人群比较多见。