鼻中隔脓肿的治疗，在药物的使用上，主要是以青霉素或头孢等抗生素类的药物为主。

鼻中隔脓肿在耳鼻喉科的临床上，主要是以手术切开引流的方式为主要的治疗方法。在手术切开引流之后，需要患者口服广谱抗生素类的药物，来控制脓肿部位的炎症感染，避免脓肿的症状复。

或者患者也可以选择在切开排脓之后，取适量的脓液进行培养检查以及药敏试验检查，确定引发脓肿的致病菌的种类，选用敏感类的抗生素药物来进行治疗。这种用药方式更具有针对性，效果往往会更好。