小儿肥胖症是否会有后遗症，要根据孩子的病情轻重程度决定。

如果小儿肥胖症比较轻微，经过积极的、有效的治疗，孩子体重逐渐恢复到正常范围，一般是不会有后遗症。

如果小儿肥胖症比较严重，体重超标比较明显，而且治疗效果不明显，孩子的体重始终控制的不理想时，有可能会导致孩子留有后遗症，例如心血管疾病、呼吸系统感染、小儿糖尿病、性早熟等，对孩子的影响有可能是终身。因此，建议家长要及时治疗孩子的肥胖症，减轻机体各个系统的负担，有助于健康成长。