X光检查不能良好的将脑垂体呈现出来。当怀疑下丘脑垂体疾病的时候，首选的检查是磁共振检查，其次是高分辨率、多薄层的观状位重建的CT扫描。

与CT相比，磁共振检查能够清楚地显示垂体，以及其周围的软组织结构，可以区分视交叉和蝶鞍的隔膜，显示脑血管，以及垂体肿瘤是否侵犯到海绵窦和蝶窦，以及垂体柄是否受压等这些情况。

磁共振比CT检查更容易发现小的病损。但是磁共振检查不能显示鞍底骨质破坏征象，以及软组织的钙化影。常规5毫米分层的CT扫描，仅能发现较大的蝶鞍区的占位病变。