自然流产也有流不干净的可能。这是因为毕竟是怀孕过，子宫内膜都会有不同程度的增厚，而且会比平时的月经前的子宫内膜更明显地增厚。

部分患者在胚胎组织排出去之后，增厚的子宫内膜会因为组织块比较大而排不出来，就有可能积聚成块，形成残留。所以，自然流产流不干净这是存在一定几率问题。

有一部分会在用药之后效果比较好而帮助残留排出来，避免做清宫手术的可能。但是有少部分患者会因为持续地残留存在，而导致出血时间过长或者也有的会因此而导致突然的出血量过大，而需要做清宫手术。