碘131治疗甲亢是有副作用的。

最常见的副作用就是会导致患者出现永久性的不可治愈的甲减，此类甲减患者往往需要补充甲状腺激素替代。主要是由于采用放射性碘131治疗的时候，放射线过度破坏了太多的甲状腺细胞，这种副作用是无法修复的。

其次，还可以引发一种放射性的甲状腺炎，多在施行此疗法以后的一周左右出现。然后还可以导致甲亢危象的发生，由于放射性碘治疗破坏了过多的甲状腺细胞，导致甲状腺激素一过性的向外释放过多，加重原有的甲亢病情，从而就会引发甲状腺危象的可能。