三个月宝宝的体检项目包括以下几方面：

身长测量、体重测量、神经系统发育测量、囟门大小测量、头围测量、追物测试、听力测试、运动系统发育检查、立头稳定性检查、心脏听诊、肺部听诊等。

如果宝宝在出生的时候有窒息、严重感染、颅内出血、胆红素过高等高危因素发生，还需要检查腹部彩超、血常规化验、心脏彩超、头颅核磁共振等其他检查，才能够综合评估三个月的婴儿生长发育情况，以及是否有颅内发育异常、血液系统疾病、骨骼发育异常、营养不良、先天性心脏病、神经系统发育异常等疾病的可能，做到及时发现，尽早诊断，积极干预和治疗。