有胎心后又胎停的原因比较多，比如绒毛膜下的血肿，绒毛发育不良，孕妇患有自身免疫性疾病，比如抗磷脂综合征或者是系统性红斑狼疮等，都有可能会导致胚胎停育。

女性体内激素水平异常，多囊卵巢综合征，甲状腺功能异常，女性体内激素水平不能维持妊娠。在怀孕早期基因突变或者是遗传因素导致的胚胎染色体异常，也有可能会出现有胎心后胎停的情况。

在怀孕5~8周是比较敏感的时期，在这个时期如果有病毒感染，也有可能导致胚胎停育。