男性上厕所时尿道痛的原因如下：

1.尿道损伤。暴力性交或者是阴茎受到了外力的撞击，可能会导致尿道内局部出现损伤，在排尿时损伤部位会受到尿液的刺激，就可引起尿道疼痛，严重时还伴有明显的出血。

2.尿道结石。由于男性的尿道较长，当患有肾结石或膀胱结石后，在结石排出的过程当中，可能会卡在尿道，就会引起尿道疼痛，疼痛可放射至龟头以及阴茎根部位。

3.感染。如果男性患有尿路感染疾病，比如膀胱炎或者是尿道炎，会对局部造成损伤，也容易引起尿道疼痛。一般还伴有尿频、尿急等症状。