细粒棘球蚴病可以导致大脑发生炎症，导致脑细胞水肿。患者可以表现为类似于脑膜刺激症的症状，可以出现的头痛的症状，病情严重时可以伴有恶心、呕吐。

细粒棘球蚴的尾状蚴可以在颅内形成囊肿，囊肿可以导致患者颅内的压力升高，患者也可以出现头痛的症状。颅内的囊肿还可以对脑神经造成直接的刺激，导致患者发生癫痫的症状。

细粒棘球蚴病对脑的损伤很严重，发生脑损伤后要及早进行治疗，防止患者出现严重的后遗症。