肺脓肿可能会有后遗症。

肺脓肿是由微生物感染引起的肺实质的坏死，多数患者通过规律、足疗程的抗感染治疗后能够完全好转，不遗留任何后遗症，但是有部分患者可能会留有后遗症。

有的人会反复感染，引起复发性脓肿。长期反复感染，肺脓肿就会由急性病程转变为慢性病程，形成慢性脓肿，这时候可能会导致胸腔积液、胸痛、胸膜炎。当炎症因子等分泌物破坏肺结构时，会导致支气管扩张，出现咯血症状。

如果肺脓肿处理不及时，其炎性分泌物会渗出到其它器官内，严重者会引起多器官衰竭，致死率高。