肠结核可能会出现肠梗阻、肠穿孔、肠粘连、肠套叠以及结核性腹膜炎等并发症。

出现肠梗阻是该疾病最常见的并发症，由于肠结核临近的腹膜粘连，有可能会使肠管受到压迫，导致患者出现肠腔狭窄引起梗阻。如果持续时间较长，还可能会导致患者出现营养不良、体重下降，也可能会发展成为完全性的肠梗阻。

出现结核性的腹膜炎，是因为患者的腹膜腔受到了结核分支杆菌的感染，导致患者出现腹痛以及腹腔积液，部分症状严重的患者在治疗时，有可能需要给予手术治疗。