本病在治疗上主要是抗感染治疗，选用临床证实有效药物，比如甲氧苄啶-磺胺甲基异恶唑。

如果上述药物无效或者有明显不良反应，可选择临床和体外试验都有效的抗生素，比如阿米卡星、亚胺培南、头孢曲松、头孢噻肟等。

诺卡菌性巩膜炎多发生于机体抵抗力差的患者，容易复发。患者机体防御功能完善时，临床恢复后，治疗持续6周。患者免疫功能未恢复，伴有免疫力低下，需要坚持用药1年左右。