颅内的囊肿一般对于一部分先天性的囊肿，像比较小的蛛网膜囊肿等，不会引起患者的任何症状。只是患者在进行CT或者磁共振检查时，意外发现的囊肿，像一些比较小的颞肌的蛛网膜囊肿，枕大池的蛛网膜囊肿这些症状，这些囊肿不会出现任何症状。

还有一部分囊肿，会引起一些症状，需要进行神经外科的手术干预，例如儿童的比较大的，张力性的蛛网膜囊肿，常会引起患者出现癫痫、头痛等表现。一些囊肿，像松果体区的囊肿，或者其它部位的囊肿，会因患者囊肿所在的部位，而引起相应的症状，可能会引起患者的视力、视野受影响，头痛等表现。