单纯疱疹性角膜炎基质型或内皮型的患者，预后通常比较差，部分患者角膜炎不能愈合或者愈合后会有比较大的疤痕。因此对这两种类型的单纯疱疹性角膜炎的治疗，可以通过结膜瓣覆盖、角膜移植等方式来进行治疗。

由于单纯疱疹病毒潜伏在角膜的三叉神经中，因此就是在做完结膜瓣遮盖或角膜移植术后，部分患者会再次复发。

复发的时间一般都是不确定性的，因为决定复发与否有多种因素决定，例如患者的自身免疫状态和疱疹病毒的毒性等多种因素决定。